單細(xì)胞文獻(xiàn)解讀?· CNS：

• Cell 深度| 一套普遍適用于各類單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)集的錨定整合方案

• Nature系列 | 整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和質(zhì)譜流式確定類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎滑膜組織中的炎癥細(xì)胞狀態(tài) | 詳細(xì)解讀

• Nature 首次對(duì)阿爾茨海默病進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析|詳細(xì)解讀

• Science：通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示玉米減數(shù)分裂進(jìn)程 | 很好的單細(xì)胞分析案例

Abstract

In vertebrates, multipotent progenitors located in the pharyngeal mesoderm form cardiomyocytes and branchiomeric head muscles, but the dynamic gene expression programmes and mechanisms underlying cardiopharyngeal multipotency and heart versus head muscle fate choices remain elusive. Here, we used single-cell genomics in the simple chordate model?Ciona?to reconstruct developmental trajectories forming first and second heart lineages and pharyngeal muscle precursors and characterize the molecular underpinnings of cardiopharyngeal fate choices. We show that FGF–MAPK signalling maintains multipotency and promotes the pharyngeal muscle fate, whereas signal termination permits the deployment of a pan-cardiac programme, shared by the first and second heart lineages, to define heart identity. In the second heart lineage, a?Tbx1/10-Dach?pathway actively suppresses the first heart lineage programme, conditioning later cell diversity in the beating heart. Finally, cross-species comparisons between?Ciona?and the mouse evoke the deep evolutionary origins of cardiopharyngeal networks in chordates.

研究背景

在脊椎動(dòng)物中，位于咽中胚層的多能祖細(xì)胞形成心肌細(xì)胞和分枝狀頭部肌肉，但心咽部的多能性以及心臟與頭部肌肉發(fā)育選擇中基因程序的動(dòng)態(tài)表達(dá)和機(jī)制仍然未知。作者在簡(jiǎn)單的脊索動(dòng)物模型Ciona中使用單細(xì)胞基因組學(xué)來重建形成第一和第二心臟譜系以及咽部肌肉前體的發(fā)育軌跡，并且識(shí)別心咽發(fā)育選擇的分子基礎(chǔ)。研究顯示FGF-MAPK信號(hào)傳導(dǎo)可以維持多能性并促進(jìn)咽部肌肉發(fā)育，而信號(hào)終止則會(huì)啟動(dòng)由第一和第二心臟譜系構(gòu)成的泛心臟程序來定義心臟身份。在第二個(gè)心臟譜系中，Tbx1 / 10-Dach途徑主動(dòng)抑制第一個(gè)心臟譜系程序，調(diào)節(jié)跳動(dòng)心臟中的后期細(xì)胞多樣性。最后，Ciona和小鼠之間的跨物種比較暗示了脊索動(dòng)物心咽網(wǎng)絡(luò)的深層進(jìn)化起源。

研究方案

sample: 848 high-quality single-cell transcriptomes ,five time points ;

單細(xì)胞建庫(kù)流程：Smart-seq2（10X單細(xì)胞測(cè)序分析軟件:Cell ranger，從拆庫(kù)到定量）

測(cè)序數(shù)據(jù)分析介紹

Bulk RNA-seq

工具:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit ;

比對(duì):C.robustae C. robusta genome (joined scaffold (KH), http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/datas/JoinedScaffold.zip) using?TopHat 2.0.12?with parameter?–no-coverage-search?;

基因差異分析：edgeR;

single cell RNA seq

工具:modified Smart-seq2 protocol ;

比對(duì):與Bulk組相同，都是C.robustae C. robusta genome；

篩選：選擇的單細(xì)胞有多于2000且少于6000的表達(dá)基因，表達(dá)基因在不少于三種細(xì)胞中可檢測(cè)到；

Batch effects的去除：在用所有的genes進(jìn)行PCA分析時(shí)，作者發(fā)現(xiàn)PC2,PC5,PC7都是核糖體基因或者未注釋的genes，作者通過一種算法將這些PCs都進(jìn)行了去除；(注：這個(gè)算法挺有意思，應(yīng)該看一下)

Clustering and Find.Markers：t-SNE,Seurat’s ‘find.markers’ function with parameters test.use=‘roc’, thresh.use=1 and min.pct=0.5 ;

時(shí)序分析：通過得到前兩個(gè)比對(duì)成分（注：這里說的前2個(gè)比對(duì)成分，應(yīng)該就是PC1-2）的主曲線實(shí)現(xiàn)每個(gè)細(xì)胞的偽時(shí)間比對(duì)，每個(gè)細(xì)胞中單位速度的弧長(zhǎng)參數(shù)確定偽時(shí)間，范圍在[0，1]之間；

TVC（軀干腹側(cè)細(xì)胞），STVC（第二軀干腹側(cè)細(xì)胞），ASM(心房虹吸肌)，FHP和SHP(第一和第二心臟前體細(xì)胞)

結(jié)果分析

（1）早期心咽譜系的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。為了從多能祖細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)椴煌l(fā)育前體細(xì)胞的過程中識(shí)別基因的表達(dá)變化，作者通過流式細(xì)胞分選（FACS）從同步發(fā)育的胚胎和幼蟲中純化得到心咽系細(xì)胞，利用Smart-seq2技術(shù)進(jìn)行了基于平板的單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）。作者在五個(gè)時(shí)間點(diǎn)獲得了848個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，涵蓋了早期的心咽發(fā)育階段（圖a）。通過對(duì)從孵化后幼蟲分離的fate-restricted細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序，鑒定出了Gata4 / 5/6 +第一和第二心臟前體細(xì)胞（FHP和SHP）以及Ebf +心房虹吸肌（ASM）前體細(xì)胞。差異表達(dá)分析鑒定 ①ASM/咽肌vs泛心臟特異性標(biāo)志物②FHPvsSHP特異性標(biāo)志物(圖b)。top111個(gè)預(yù)測(cè)的泛心臟基因中包括心臟特異性genes，包括Gata4 / 5/6，Nk4 / Nkx2-5和Hand，作者通過熒光原位雜交（FISH）確認(rèn)19種候選標(biāo)記物的心臟特異性表達(dá)，包括Meis和Lrp4 / 8(圖d)。泛心臟與咽部肌肉對(duì)比度主導(dǎo)晚期細(xì)胞異質(zhì)性，但是FHP和SHP群體依然分離(圖b)。因此，作者的分析揭示了在發(fā)育過程中祖細(xì)胞被激活的特定程序，包括共同（’泛心臟’）和心臟前體的第一vs第二心臟譜系的特異性印記。

（2）為了表征基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)變化，作者對(duì)不同時(shí)間點(diǎn)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了偽時(shí)序分析，作者確定了多能祖細(xì)胞和分離的心臟和咽部肌肉分支。然而，這種無監(jiān)督分析未能正確區(qū)分第一和第二心臟譜系，可能是因?yàn)楣蚕淼姆盒呐Kgenes主導(dǎo)了譜系特異性特征。利用不變的譜系并組合了與每個(gè)分支相對(duì)應(yīng)的細(xì)胞，作者創(chuàng)建了第一和第二心臟以及咽肌譜系的三條單向軌跡(圖a,b)。細(xì)胞沿偽時(shí)軸的分布對(duì)應(yīng)于起源時(shí)間，發(fā)育軌跡表明基因表達(dá)逐漸變化的持續(xù)過程。然而，后期在偽時(shí)間軸中變化的gene與突然的生物轉(zhuǎn)變terms等一致，例如細(xì)胞分裂。為了識(shí)別這種“開關(guān)式”的不連續(xù)性發(fā)育，作者利用細(xì)胞之間的相關(guān)性進(jìn)行層次聚類，在心臟咽部軌跡上確定了10個(gè)假設(shè)的離散調(diào)節(jié)狀態(tài)，包括兩個(gè)多能狀態(tài)，以及八個(gè)連續(xù)向特定發(fā)育方向的轉(zhuǎn)換(圖d)。

（3）作者進(jìn)一步探索了調(diào)控狀態(tài)進(jìn)展的分子基礎(chǔ)。作者首先關(guān)注咽部肌肉軌跡，從圖1a中得知其中關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子為Hand-r，Tbx1 / 10和Ebf。前兩個(gè)調(diào)節(jié)狀態(tài)對(duì)應(yīng)于多能心咽祖細(xì)胞的連續(xù)生成（TVC和第二軀干腹側(cè)細(xì)胞，STVC），為證實(shí)不對(duì)稱細(xì)胞分裂作為第一次轉(zhuǎn)變提供了生物學(xué)基礎(chǔ)。盡管來自16hpf幼蟲的新生咽肌前體細(xì)胞都表達(dá)了Ebf，但這些細(xì)胞與從14hpf胚胎中分離出的多能祖細(xì)胞聚在一起。這表明，盡管新生的咽肌祖細(xì)胞已經(jīng)表達(dá)了一個(gè)關(guān)鍵的決定基因，但它們的轉(zhuǎn)錄組仍然與它們的多能母細(xì)胞相似。實(shí)際上，當(dāng)細(xì)胞發(fā)生連續(xù)狀態(tài)的轉(zhuǎn)變時(shí)，咽肌轉(zhuǎn)錄組逐漸重塑，包括引發(fā)的心臟標(biāo)志物的表達(dá)量下調(diào)和咽肌標(biāo)志物的從頭活化。此外，與Ebf功能的擾動(dòng)后的表達(dá)譜的系統(tǒng)比較表明，包括肌原性調(diào)節(jié)因子（Mrf）（MyoD / Myf5同源物）和肌球蛋白重鏈3（Mhc3）等在內(nèi)的候選Ebf靶基因，是在較晚的時(shí)期被激活，與轉(zhuǎn)變?yōu)槎ㄐ脱什考∪鉅顟B(tài)過程中對(duì)Ebf的依賴性一致(圖a-f)。

（4）成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子（FGF）-MAPK（絲裂原活化蛋白激酶）信號(hào)傳導(dǎo)的終止啟動(dòng)了心臟形成的泛心臟程序：接下來，作者研究了心臟形成期間狀態(tài)轉(zhuǎn)換的基因表達(dá)變化；作者聚焦于第一個(gè)心臟軌跡，其表征泛心臟程序的偽時(shí)序范圍最廣。從泛心臟標(biāo)志物的激活和最初的咽部肌肉以及多能特異性標(biāo)志物的下調(diào)解釋了大多數(shù)基因表達(dá)變化(圖a)。這些協(xié)調(diào)的基因表達(dá)變化解釋了沿心臟軌跡的主要轉(zhuǎn)變。例如，作者使用邏輯回歸來確定Slit1 / 2/3在多能和FHP1狀態(tài)之間的轉(zhuǎn)換處被激活，并且通過FISH確認(rèn)。研究人員使用每個(gè)基因的PC1來估計(jì)每個(gè)gene對(duì)離散調(diào)節(jié)狀態(tài)的contribution(圖c)。這表明多能狀態(tài)主要由TVC特異性基因和引發(fā)的心臟和咽部肌肉標(biāo)記物的組合表達(dá)決定。TVC到FHP1的轉(zhuǎn)變以TVC特異性基因表達(dá)的急劇下降為特征，伴隨著引發(fā)的ASM基因的下調(diào)，引發(fā)的泛心臟基因的上調(diào)和從頭表達(dá)的泛心臟基因的激活。在這方面，FHP1狀態(tài)可以被認(rèn)為是多能TVC狀態(tài)和FHP2狀態(tài)之間的“過渡狀態(tài)”。真正的泛心臟程序應(yīng)該在第一和第二心臟譜系中表現(xiàn)出相似的動(dòng)態(tài)變化，反映了共同的調(diào)控邏輯。值得注意的是，每個(gè)基因的表達(dá)始終在第二個(gè)心臟軌跡中延遲，從STVC到SHP1轉(zhuǎn)變開始，因?yàn)镾HP出生于第二代多能祖細(xì)胞，比FHP晚約2小時(shí)。然后，作者探究了在心臟譜系中觸發(fā)泛心臟程序的調(diào)控開關(guān)，研究分析表明，心臟譜系特異性終止FGF-MAPK信號(hào)傳導(dǎo)允許激活從頭表達(dá)的泛心臟基因和隨后的心臟分化的特異性，而心咽祖細(xì)胞中的FGF-MAPK信號(hào)傳導(dǎo)通過維持引發(fā)的咽部肌肉發(fā)育程序或抑制心臟特異化編程來促進(jìn)多能性。

（5）心臟譜系之間的差異促進(jìn)具有跳動(dòng)功能的心臟細(xì)胞多樣性：相同的泛心臟基因可以定義心臟身份，但不同的前體細(xì)胞分別聚集在一起，揭示了第一和第二心臟譜系之間的顯著差異。由于海鞘和脊椎動(dòng)物的第二心臟區(qū)域具有相同來自Nk4 / Nkx2-5和Tbx1 / 10直向同源物的調(diào)節(jié)，作者探索了第二心臟軌跡以研究脊椎動(dòng)物第二心臟區(qū)的發(fā)育和進(jìn)化。通過利用（CRISPR）/ Cas9使部分基因功能喪失后發(fā)現(xiàn)Dach既是marker又是形成第二心臟譜系的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子，是防止第一個(gè)心臟譜系特異性標(biāo)記物Mmp21活化的必需條件。Tbx1 / 10功能喪失抑制Dach表達(dá)，并引起Mmp21的異位激活，表明Tbx1 / 10促進(jìn)第二心臟譜系的特異性，部分通過調(diào)節(jié)Dach激活的作用產(chǎn)生。實(shí)際上，Tbx1 / 10與FGF-MAPK平行激活Ebf并促進(jìn)咽部肌肉程序，其方式類似于脊椎動(dòng)物分支單體肌生成中的Tbx1功能。為了探索區(qū)分Tbx1 / 10雙重功能的機(jī)制，作者使用MAP激酶激酶（MEK）抑制劑U0126，其抑制Ebf表達(dá)，并在通常形成Ebf +咽肌前體的外側(cè)大多數(shù)心咽組織細(xì)胞中引起異位Dach活化。此外，Tbx1 / 10 錯(cuò)位表達(dá)和MEK抑制協(xié)同作用，在心咽祖細(xì)胞中引起早熟和異位Dach活化?？傊?#xff0c;這些數(shù)據(jù)表明在Tbx1 / 10 +心咽祖細(xì)胞中終止FGF-MAPK信號(hào)傳導(dǎo)足以激活Dach表達(dá)并促進(jìn)第二心臟譜系形成，并證明了與Tbx1 / 10一致的不同信號(hào)環(huán)境如何促進(jìn)不同的調(diào)節(jié)程序。

（6）脊索動(dòng)物中保守的心咽轉(zhuǎn)錄特征。最近有文獻(xiàn)報(bào)道對(duì)小鼠早期中胚層譜系的scRNA-seq分析鑒定了由高水平的Tbx1和Dach1表達(dá)標(biāo)記的咽中胚層細(xì)胞群體。多色免疫組織化學(xué)染色顯示Dach1表達(dá)在咽中胚層中廣泛開始，并且限于背側(cè)心包壁中的第二心臟細(xì)胞。使用已發(fā)表的scRNA-seq數(shù)據(jù)集擴(kuò)展了心咽轉(zhuǎn)錄組的Ciona-to-mouse比較。我們使用典型相關(guān)分析（CCA）來鑒定在Ciona和E8.25小鼠胚胎中分離心臟和咽中胚層細(xì)胞的基因。然后，作者使用30個(gè)最佳相關(guān)基因獨(dú)立地重新分離來自每個(gè)物種的scRNA-seq數(shù)據(jù)，并發(fā)現(xiàn)這些標(biāo)記足以區(qū)分任一物種中的心臟和咽部肌肉細(xì)胞，從而揭示共享的轉(zhuǎn)錄程序 ?？偟膩碚f，這個(gè)分析表明，進(jìn)化上保守的轉(zhuǎn)錄程序，包括Ebf1，Gata4等的同源物調(diào)節(jié)基因，控制心臟與咽部肌肉的在心咽中胚層中的發(fā)育選擇。

單細(xì)胞文章點(diǎn)評(píng)

該篇文章個(gè)人認(rèn)為不再是傳統(tǒng)意義上的圖譜類或發(fā)育類文章，該篇文章對(duì)大量生物學(xué)內(nèi)容尤其是在心咽發(fā)育過程中分子調(diào)節(jié)之間的轉(zhuǎn)換的理解，真的叫人拍手打call!

單細(xì)胞技術(shù)只是技術(shù)，和其他測(cè)序技術(shù)一樣也會(huì)過時(shí)，錦上添花的固然好，關(guān)鍵還是在專業(yè)領(lǐng)域要真正的“專業(yè)”！

想到了另一篇文章，也是做心臟發(fā)育的一篇，于2019年1月發(fā)表在***Cell Report***上的***《Single-Cell Transcriptome Analysis Maps the Developmental Track of the Human Heart》***，對(duì)心臟發(fā)育感興趣的小伙伴可以看一下啊。

其實(shí)每一次看文章我都是抱著看看他們有木有什么新的R包可以借鑒或者是他們的代碼公開后我可以進(jìn)行一下原文的復(fù)現(xiàn)，但發(fā)現(xiàn)多數(shù)是以失敗告終的，尤其是一些要是不看那篇文章根本不知道有這回事的包，所以不要總?cè)ハ胫ァ靶惆薄?。?/p>

沒事多去看看說明文檔吧，尤其是Seurat v3?的說明文檔，里面增加了好多的新功能，尤其是在用于組之間比對(duì)分析時(shí)。

參考文獻(xiàn)

`Wang W, Niu X, Stuart T, Jullian E, Mauck WM 3rd, Kelly RG, Satija R,Christiaen L. A single-cell transcriptional roadmap for cardiopharyngeal fate diversification. Nat Cell Biol. 2019 Jun;21(6):674-686\. doi: 10.1038`

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的NCB|心咽发育多样化的单细胞转录轨迹分析的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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