說出至少5種高通量測序技術的應用，并簡要描述其在科研中的用途？ (2分) (選答)

轉錄組測序可以解決的問題有哪些？(2分)

轉錄組項目開展前需要考慮哪些問題？ (6分)

轉錄組測序同一樣品不同重復之間相關性多少合適？ 分別敘述不同的需求可用reads數多少合適？ (3分)

測序reads數和測序堿基數之間如何換算? (1分）

描述下常規轉錄組測序的過程，從樣本準備到獲取測序數據中經歷的步驟？ (6分)

描述下常規轉錄組分析的流程，列舉每步可用的工具、每步分析的意義? (10分)

基因組和轉錄組測序序列比對使用的工具有什么不同？轉錄組reads比對回基因組時需要特殊地考慮什么？(4分)

STAR為了提高比對率做了哪些容錯機制? (4分)

StringTie和Cufflinks是做什么的？什么時候會用到？(2分)

Illumina測序時什么情況下會測到接頭序列? (3分)

鏈特異文庫是什么？可以解決什么問題？(3分)

Illumina測序時測序簇 (cluster)是如何生成的？生成測序簇的意義是什么？(2分) (選答)

雙端測序的左端和右端reads分別測序的什么，是否來源于同一片段? (2分)

ct@ehbio:~/data$中ct、ehbio、~/data、$各代表什么？ (1分)

寫代碼計算FASTQ序列中的reads數、堿基數? (1分)

寫代碼用Fastqc評估測序質量？并解釋什么樣的質量值是可以接受的，GC含量正常和異常的結果有什么不同? 導致GC含量異常的原因是什么？ (4分)

寫代碼去除雙端測序reads低質量堿基和接頭序列，并解釋各個參數的含義？(3分)

為什么一般只使用去除低質量堿基和接頭后仍然成對的reads做后續分析? (2分)

寫代碼完成基因組索引的構建，并解釋基因組索引構建的意義是什么? (2分)

解釋環境變量是什么？設置環境變量的意義是什么？如何設置環境變量？(3分)

寫代碼進行序列比對，并解釋每個參數的含義? (2分)

如何從比對結果中獲取比對reads數和比對率？怎么判斷比對率是否合適？ (2分)

解釋STAR或HTSeq是如何計算基因的表達量 (reads count)的，程序是根據注釋文件中的哪些信息來計算某個基因的reads數的，如果一個基因有多個轉錄本怎么計算基因表達量 (3分)

寫代碼轉換BAM文件為樣品間可比的bigWig文件，并說明bigWig文件的用途? (2分)

寫代碼評估比對質量，包括評估基因5’-3’測序均一度評估、reads在基因組標志區域評估和飽和度評估，并解釋每個參數的意義? (3分)

用RSEM計算基因表達TPM值，并解釋TPM值、FPKM值、與DESeq2標準化后的值、原始reads count的區別? (4分)

寫R代碼讀入reads count文件、樣品分組信息文件，并解釋參數的含義? (1分)

寫代碼產生DESeqDataSet數據集，并解釋參數的含義? (3分)

解釋函數DESeq運行時函數內部都做哪些數據處理和操作? (5分)

寫代碼從DESeqDataSet數據集獲取標準化后的數據、標準化后取對數的數據，并解釋用到的函數的作用? (3分)

寫代碼在DESeq中做主成分分析，并解釋主成分分析的結果? (2分)

寫代碼計算樣品相關性并完成相關性熱圖繪制，解釋下述哪種矩陣適合做相關性分析: 原始reads count、標準化后的矩陣、標準化后對數處理的矩陣？(4分)

寫代碼提取兩組樣品中的差異基因分析結果，并解釋用到的函數和變量的意義? (3分)

寫代碼繪制火山圖，并解讀火山圖展示的信息是什么? (1分)

寫代碼繪制差異基因熱圖，并解讀此熱圖? (2分)

繪制熱圖時什么時候做行聚類、什么時候做列聚類、按行標準化數據的意義是什么、結果怎么解讀? (2)

如何識別樣品中是否有批次效應? (2分) (選答)

描述GO富集分析的原理，并給出GO富集分析需要的數據的格式? (1分)

描述GSEA富集分析的原理，并給出GSEA富集分析需要的數據的格式? (1分)

GO富集分析結果的泡泡圖怎么解釋? (1分)

轉錄本拼裝的意義是什么? 不同樣品拼裝結果最后需要merge在一起的意義是? (2分)

DESeq2中是如何處理批次效應的? (2分) (選答)

說出一起學習的小伙伴的名字. (3分)