idmapping.tb.gz、go_201307-assocdb-data.gz2.本地化架構(gòu)由于blast2go數(shù)據(jù)庫(kù)太大，請(qǐng)務(wù)必將my.ini文件的datadir設(shè)置到一個(gè)空間足夠的磁盤，例如我的E盤有100G可用空間，設(shè)置如下：datadir="E:/MySQL/MySQL Server 5.6/data\"由于MYSQL5.x是不允許BLOB/TEXT類型的字段擁有默認(rèn)值的，且在windows下是默認(rèn)以‘strict mode’工作的，所以在創(chuàng)建Table的時(shí)候，可能會(huì)有錯(cuò)誤提示：“BLOB/TEXT column 'xxxxxx(表名稱)' can't have a default value”，可以通過(guò)將my.ini中sql-mode="STRICT_TRANS_TABLES,NO_AUTO_CREATE_USER,NO_ENGINE_SUBSTITUTION"這一行前面加#注釋掉解決。注：Linux下也需要相應(yīng)修改datadir路徑；Linux下不需要注釋sql-mode行；上述過(guò)程需要重新啟動(dòng)MySQL服務(wù)才能生效。停止mysql服務(wù)命令：net stop mysql; 更改my.ini中的datadir信息，并將原來(lái)的data目錄copy到更改以后的路徑中；重啟服務(wù)命令：net start mysql。(windows/linux 下都可以通過(guò)重啟計(jì)算機(jī)來(lái)重啟mysql服務(wù))1)執(zhí)行b2gdb.sql用以創(chuàng)建b2gdb和一些Table：mysql -h localhost -uroot -proot < E:\local_b2g_db\b2gdb.sql此時(shí)可以通過(guò)下面命令查看已經(jīng)創(chuàng)建了的數(shù)據(jù)庫(kù)：mysql -uroot -proot?并回車mysql> show databases;可以看到b2gdb已經(jīng)被創(chuàng)建。2)創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫(kù)用戶"blast2go"：mysql -h localhost -uroot -proot -e "GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';"mysql -h localhost -uroot -proot -e "FLUSH PRIVILEGES;"3)導(dǎo)入上述已下載并解壓了的數(shù)據(jù)庫(kù)：為了保證后面步驟的簡(jiǎn)約，建議先進(jìn)入數(shù)據(jù)庫(kù)存放的文件夾，比如我的解壓后的數(shù)據(jù)位于"D:\b2g\"，在CMD下輸入：C:\Users\NCRNA>?D:D:\>?cd b2gD:\b2g>?mysql -s -h localhost -uroot -proot b2gdb < go_201307-assocdb-data(耗時(shí)約7小時(shí)，產(chǎn)生55G文件)D:\b2g>?mysql -h localhost -uroot -proot b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene2accession' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY \"\t\" LINES TERMINATED BY \"\n\";"(耗時(shí)約1小時(shí)，文件保持55G)D:\b2g>?mysql -h localhost -uroot -proot b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_info' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY \"\t\" LINES TERMINATED BY \"\n\";"(耗時(shí)約10分鐘，文件保持55G)4)最后一次配置(以下命令適用于windows系統(tǒng)，linux環(huán)境下請(qǐng)將";"改成“:”)：D:\>?E:E:\>?cd b2g4pipe_v2.5\b2g4pipeE:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe>?java -cp blast2go.jar;ext\mysql-connector-java-3.0.11-stable-bin.jar es.blast2go.prog.util.ImportPIR D:\b2g\idmapping.tb localhost b2gdb root root TRUE注：為了少打幾個(gè)字，我選擇先進(jìn)入E:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe文件夾，在其下輸入了4)命令，請(qǐng)注意紅色標(biāo)注的那個(gè)分號(hào)！D:\b2g\idmapping.tb?為最后一個(gè)文件的路徑，b2gdb為數(shù)據(jù)庫(kù)名稱，root?root分別為用戶名和密碼。你仍然可以用完整路徑，命令如下：D:\b2g>?java -cp E:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe\blast2go.jar;E:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe\ext\mysql-connector-java-3.0.11-stable-bin.jar es.blast2go.prog.util.ImportPIR D:\b2g\idmapping.tb localhost b2gdb root root TRUE注：此時(shí)如果上面命令正確的話，將得到下面的提示信息：Starting to import D:\b2g\idmapping.tb to b2gdb@localhost with user rootOpen database connection to database b2gdb on localhost as root with password starts with ****Open database connection to database b2gdb on localhost as root with password starts with ****否則，就得到下面的錯(cuò)誤：Database or network connection (timeout) error for: localhostDatabase or network connection (timeout) error for: localhostImport gi-uniprot mapping: Could not connect to DBCould not connect to DBImport of gi-uniprot mapping finished經(jīng)過(guò)約5小時(shí)，將得到以下提示：Imported 40344363 gi-uniprot mappings to the DB.Imported 40344363 gi-uniprot mappings to the DB.Import of gi-uniprot mapping finished恭喜你，blast2go數(shù)據(jù)庫(kù)本地化順利完成！

如果上面的步驟沒(méi)有成功，很有可能是你沒(méi)按照本教程來(lái)，請(qǐng)你刪除原來(lái)安裝的b2gdb，重新來(lái)過(guò)。刪除方法：

mysql>?DROP DATABASE b2gdb;關(guān)于blast2go命令行使用方法，請(qǐng)參考"blast2go命令行使用方法"。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的blast2go mysql_Blast2go本地化教程的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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