如何快速研究透一篇 Paper 并提出有价值的问题?
來自知乎:https://www.zhihu.com/question/24708090/answer/32479805
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部分同意?@歐陽笠的觀點,簡單談點自己的看法。做生物科研狗做了也將近十年了,從非常基礎的點起步,細分的話,目前也算涉足了4~6個當前大紅大紫的科研領域。在平常的所謂academic life中,最不爽的莫過于身邊一群歐美同學本著英文母語或者近母語的優勢(我的英語很差,尤其和他們比的時候),總是能夠在極其短的時間讀完一篇paper,然后在lab meeting的時候侃侃而談。剛剛開始的時候,我總是以一種艷羨的心情來膜拜這些“大神”,然后以實驗太過繁重為借口來避免跟他們在seminar中討論任何文章。但是,有段時間比較閑,在等一批數據從collaborator那里返回來,就選擇性的讀了當時幾期seminar的paper,然后在聽這些“大神”們討論的時候的心情就變成了:WTF,are u seriously talking about this paper? 然后就意識到,其實自己完全沒必要完全站在聆聽者的角度,真的讀了就真的可以參與到他們的討論中去,一方面可以學習到更多的東西,另一方面在很多點上可以實施參考的碾壓 ;) 不好意思,原諒我一說中文分分鐘變話嘮。here is my point:
首先,大的前提是,我們都有一些所在學科的理論背景,至少接受過正統的本科教育,然后接觸到了一個有背景知識的研究領域中。如果你不具備這個點的話,我建議按照?@歐陽笠所說乖乖地去讀這個領域里面比較經典的一些研究論文,這個時候不一定要考慮去吃透每一篇論文的研究思路,只要大致了解這個領域是做什么的,大家已經做了什么,在哪方面取得了比較好的結果,哪個方面還有待進一步發掘,這個領域的大牛,小牛和牛犢兒都是誰,這些人目前正在做什么,并進一步揣測這些人將要接著做些什么。當然,鑒于可能你剛剛接觸這個領域,不一定能馬上領悟這么多,但是不要著急,踏踏實實的讀一點東西,一步步積累才能在日后真的做到你題目中說到的“快速研究透”。總得來講,就是先積累一點點所讀領域的common sense.
然后,我來講講假設你已經有一些這樣的背景了,怎樣針對一片paper快速吃透:
第一步,這篇paper的出發點是什么?一篇paper的abstract開頭2-5句和introduction部分(除去最后一段)必然在講這個問題。那么讀了abstract中這個最多5句話,快速瀏覽一下introduction(除去最后一點),你就可以知道作者總結了一下他做的東西從哪兒發展來的,別人都做了什么,他覺得別人什么地方做的不夠,所以他就接著做了,并發了這篇文章。
第二步,這篇paper中用了什么樣新的技術手段?abstract銜接背景之后的最多2句話,也有可能和做出來了什么東西合在一起說,以及introduction的最后一段。通常來講,如果作者用了什么新的技術手段,尤其是令作者本人覺得牛逼哄哄的技術,他一定會不厭其煩的說上這么幾句,所以如果你想找到一篇文章技術的閃光點,通常來講,先關注一下這兩個部分,然后再去后文找細節。
第三步,發現了什么?abstract最后2句,作者必然會交代“哥做出來了這個么東東”這個問題。那么,你只要頭腦里記著他做出來了什么,后面讀文章主體部分的時候,你就可以隨時按照邏輯線進行推理,就可以最終構建出整篇文章的邏輯線路,然后就能知道文章中哪一個小段落的結論是整篇文章的關鍵,哪個小結論是輔助作用,哪個小結論是沒什么大用,但是做都做了就拿上來添一添篇幅(這個真的有)。
第三步,庖丁解牛。按照上面說的技術脈絡+邏輯線路走下來,通常來講你會發現一篇好的文章真的是讀起來酣暢至極。你在想著這個文章還少點什么的時候,剛好發現下一節就將要講什么,那個feel真是倍兒爽。當然,你也會偶然的發現文章的哪個地方可能是有人在趕工,哪個地方邏輯出現斷層之類的。當然,還會有個別時候,你會發現自己的邏輯思路被大神碾成了渣。但是,這樣的時候畢竟還是少的,因為做science畢竟是要講邏輯的嘛;)
第四步,這一步通常來講是讀一篇paper的關鍵,就是在知識緯度上拓展。前面已經基本了解了paper所涉及領域的研究點,技術水平等。這一步是來了解未來可能的研究點。一般出現在discussion中。當然,有些作者想到哪兒寫到哪兒,也偶爾會把部分內容放在個別的小結論段落中的末尾部分。尤其是有些話嘮型作者會在某個他沒有拿到太理想的結果但又忙于趕工不得不就那么些的部分啰嗦那么幾句要是這個實驗再怎么怎么改進一下會更漂亮。當然,這種類型多是那種技術上的前瞻。而理論部分的研究前瞻點基本都會老老實實的出現在discussion里面。一些大牛會寫的很樸素,把這個領域還要怎么做下去寫得掏心掏肺。但是也會有一些人寫著部分就是臨時性的腦洞大開,更有甚者滿嘴跑火車。通常,在一個高質量的seminar中,大家會針對這個部分有個激情的討論點。但是不是所有的人都重視這個點,我就聽某個國內正大紅大紫的大牛鄙視過所有paper的discussion部分。
第五步,技術性細節。通常一篇文章完成上面四個部分對我而言就算讀完了。我保持這種心態和習慣很久。直到遇到了一個師兄。此兄對于所讀文章的技術細節都非常在行。而且他總是強調他讀文章就是為了摳技術的細節。所以,如果你想了解技術的細節,不要放過material & method部分,甚至遇到那種一下亮瞎眼的method,還要去查一查該技術的專門的文章,這樣才能把別人的技術用到你的實驗中來。而不是像原來的我,理論上積累了一堆,說到要怎么實現我的設想,就要傻哈哈地跑出找那位師兄討論。然后經過我一番大費唇舌的blablabla,他突然來一句:oh, you want to do this. en huh, i can help you to design the experiments.
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答案很簡單,包括兩點。第一,比較閱讀同領域10篇以上文章。第二,畫思維導圖。
先說第一點,原因有二。
1. 巧婦難為無米之炊
現在學術界的細分已經達到了一個很高的程度,科研上的全才越來越少,絕大多數是在某個領域深度挖掘的大拿。即使是諾獎得主,拿到不熟悉領域的單一某篇文章,要看出個門道來也不是一件容易的事情。任何一篇學術論文都是建立在大量相關研究的基礎上,沒有對相關背景知識的積累,指望自己靈光一閃是不大現實的。證據就是投稿大多數雜志時,編輯都會找相關領域的專家來審稿。因為,很多東西只有內行才看得出來。
2. 是騾子是馬,牽出來遛遛
同一個科學問題,可能不同實驗室的研究者用不同的方法得到相似或者相反的結論。通過全面比較不同研究者的文章,更容易得出一些有價值的想法。舉個簡單的笠子吧。
年初小保方晴子發表了一篇Nature文章(Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency : Nature : Nature Publishing Group),如你所知,她用簡單的改變培養基pH的方法制造出了induced pluripotent stem cells (iPSCs)。別說作為一個門外漢,當時我身邊的不少PhD看了文章都在嘖嘖稱奇,討論如果早點發表,諾貝爾獎說不定就要易主了。
其實只要比較閱讀小保方晴子的文章和諾獎得主山中伸彌06的文章(Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors: Cell)就不難發現,山中伸彌費了九牛二虎之力,用4個轉錄因子通過病毒載體才以極低的效率產生了ips。隨后幾年,各大實驗室也都苦心孤詣提高ips誘導效率。比較兩篇文章也能發現,山中伸彌的文章證據充分,各項數據,證據鏈齊全,實在是很扎實的一篇文章(Cell的一貫風格)。反觀小保方晴子,她談笑間檣櫓灰飛滅,直接放點醋就行了,聽上去就像水變汽油的神話。果不其然,數月后,泡沫就被戳破了。所以,比較閱讀實在是一把利器。
第二點就是提綱挈領,畫思維導圖。
第一步,先看文章abstract,對文章的主題有個大概印象。
第二步,直接去看Results部分的小標題。這是文章的脈絡,把這些標題串起來就組成了文章的故事主體。分析其邏輯結構,看能不能自圓其說,以及證據鏈完整與否。可以使用GRE argument寫作中的思辨方法。(適用于有小標題的文章)
第三步,深入Results的各個部分,簡單來說,就是看提供的數據能不能支持每個部分的總結句子(往往在段落末尾)。
第四步,研究Discussion部分,這是文章的精華所在。最近看到的一篇discussion寫得很好的文章,大家可以借鑒一下(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17015822)。文章有點老,大家別介意~
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總結下,要讀透文章并提出有價值的問題,讀一篇文章肯定是不夠的。那么問題來了,如何找到相關文章呢?最簡單的方法是看文章的References,把其引用的相關文獻看一看。最后還有個高階版方法。
當搜索一篇文章后,在箭頭所示位置會顯示被引用次數,點進去,就可以看見引用過這篇文章的相關文章了。而且這些文章比該文章的References新。在科學界,時效性是很重要的。所以看越新的文章一般也會越好。
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的如何快速研究透一篇 Paper 并提出有价值的问题?的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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