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最近有師妹苦惱于某藥物作用相關科研課題設計，不知道疾病研究方向，不想清楚應該選擇哪些基因進行研究。于是我向她推薦了這個數據庫，分分鐘解決了她的難題。

無論你是想根據基因，想找到相關疾病和藥物，還是根據藥物尋找相關疾病和基因，你都可以使用這個數據庫，在生物信息分析方面，若篩選到預后基因，也可以通過這個網站拓展可能的有效藥物，希望今天的介紹會對各位的科研之路上有所幫助。

數據庫CTD ：http://ctdbase.org/

CTD數據庫可用研究基于化學，基因，表型，疾病和環境之間的關聯，可以促進人們對化學藥物和人類健康的了解。CTD包括超過230萬種化學藥物，46689個基因，4340個表型和7212種疾病的基因，化學表型，藥物相關疾病，基因相關疾病和藥物相互作用，自上次更新以來，內容增加了46％，與其他數據集集成后，產生的藥物基因組關聯超過3800萬。這些更新將會繼續完善CTD數據庫，并有助于為有關受環境影響的疾病的病因和機制提供新的驗證假說。一

查詢蛋白與哪些疾病有關

①我們以研究TP53基因為例：在右上角關鍵詞檢索欄里調整項目欄為gene，鍵入TP53，點擊Search進行檢索。②在結果列表中，我們可以單擊基因名稱旁邊的藍色小圖標即可直接轉到TP53的“疾病”選項中，也可以點擊黃色“TP53”基因名，再單擊TP53基因頁面的Diseases選項。③“疾病”選項中列出了與TP53相關的疾病，基因與疾病的關系以及相關的參考文獻，在網頁左下角可以選擇數據下載方式。二

藥物與哪些疾病有關

??我們以二甲雙胍為例，在檢索欄中選擇“chemicals”，輸入二甲雙胍metformin，點擊Search進行檢索。

??在結果列表中，我們可以單擊化學名稱旁邊的藍色疾病圖標可直接轉到該化學物質的“疾病”選項，或者從結果列表中單擊化學名稱“metformin”也可進入“疾病”選項。三

藥物與哪些基因有關

①與之前的方法相同，輸入需要檢索的藥物名稱，在結果列表單擊藥物名稱旁邊的X形基因圖標可直接轉到該化學的“基因”選項，或從結果列表中單擊藥物名稱進入“基因”選項。②“基因”選項列出了所檢索藥物的所有相互作用基因。我們可以通過單擊標題對列進行排序。要查看化學-基因或化學-蛋白質相互作用，生物途徑等我們可以點擊“Interactions”選項或基因旁邊的相互作用鏈接。四

藥物是如何影響該基因？

在下拉“Search”菜單下，選擇Chemical–Gene Interaction進行查詢。我們仍然以二甲雙胍和TP53為例。從“chemical”搜索框旁邊的下拉菜單中選擇“equals”。鍵入“metformin”。從化學基因相互作用類型字段的下拉菜單中選擇“any”。從“gene”字段的下拉菜單中選擇“equals”。在“gene”搜索框中鍵入TP53,最后單擊搜索按鈕即可獲得相關研究結果。五

哪些化學物質與某癌癥有關

??我們回到檢索頁面，對肺癌進行疾病關鍵字搜索。我們以胃癌為例，選擇“Disease”,鍵入“gastric cancer”點擊檢索。??在結果列表中，我們可以單擊疾病名稱旁邊的黃色錐形瓶樣化學圖標可直接轉到該疾病的“化學物質”選項，或從結果列表中選擇單擊“胃癌”鏈接進入“化學物質”頁面。

??結果列表包含化學名稱，疾病，化學與疾病的關系以及與疾病相關參考文獻的鏈接。默認情況下，結果按化學名稱的字母順序顯示。粗體標明了疾病與治療或標志物/分子機制的關系。推斷的結果是通過預定的化學-基因相互作用建立的(例如，化學藥物A與疾病B相關是因為化學A與基因C具有一定的相互作用，而基因C與疾病B具有一定的關系)，單擊列標題可以對結果進行排序。

六

重金屬會影響哪些轉錄因子？

在下拉“Search”菜單下，選擇“gene”查詢。①?從“chemical”搜索框旁邊的下拉菜單中選擇“contains”。鍵入重金屬的化學搜索框。

②?從Chemical-gene interaction字段的下拉菜單中選擇任何。

③?從“Gene Ontology”搜索框旁邊的下拉菜單中選擇“contains”。在“Gene Ontology”搜索框中鍵入轉錄因子活性。

④?單擊Search按鈕。

結果列表顯示了轉錄因子，其活性受重金屬影響。化學圖標()直接鏈接到基因的化學數據。疾病圖標()直接鏈接到基因的疾病數據。七

快速查詢藥物與基因互作參考文獻

在下拉Search菜單下，選擇References查詢。①從“Chemical”搜索框旁邊的下拉菜單中選擇“equals”。鍵入Zinc到化學物質搜索框。

②從化學基因相互作用類型字段的下拉菜單中選擇any。

③從“Gene”字段的下拉菜單中選擇“equals”。在“gene”搜索框中鍵入P53。

④單擊搜索按鈕。

選定的搜索詞在“參考查詢結果”頁面上突出顯示。

八

與研究藥物相互作用基因的GO分析

使用批處理查詢工具執行此高級查詢，并導出大量數據以進行進一步分析。

在“Search”下拉菜單下，選擇“Batch Query”工具。

??選擇化學品作為輸入類型。

??檢索框中輸入TCDD和雙酚A。

①在查詢表單的結果部分中選擇基因本體關聯。

②?選擇所有GO關聯或僅選擇enriched(推薦)。

③選擇至少一個本體。

④選擇首選的結果格式。

⑤點擊提交。

結果頁面包括輸入數據(TCDD或雙酚A)，化學名稱，化學ID和Cas RN，基因符號，基因ID，本體，Go術語和Go ID的值。與輸入數據完全匹配的所有化學品將顯示在結果中。

如果想要進一步分析結果，請將結果另存為文本文件(txt)，然后將其導入Excel。

通過以上操作獲得的疾病、藥物、基因，將數據下載下來，導入到Cytoscape軟件當中，即可獲得像這樣的網絡圖：

總之，CTD數據庫能夠充分聯合藥物、基因與疾病之間的內在關系，網站菜單式操作簡單易學，包含的數據庫十分龐大。該數據庫兩年更新一次，一直有后臺維護，不用擔心數據老舊，網站停用等現象。CTD可研究的疾病包含腫瘤、常見病甚至包含罕見病數據，樣本也不止限于組織血液，也包含多種細胞系外泌體等等。可以算是十分良心的數據庫了，絕對是科學研究首選網站，建議大家快快收藏！END征 稿 啟 事

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總結

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