盡管外顯子組測序在人類疾病的遺傳學研究中取得了極大的成功,但該技術本身也存在一些缺點,主要包括外顯子捕獲效率及測序正確率。為了系統評價外顯子組測序技術對致病突變的檢測效率,Gilissen等對51個外顯子組測序數據的37424個SNP位點進行了分析。共有35296個突變位點被成功捕獲,捕獲成功率為94.3%;測序深度在10x以上的突變位點約占全部位點的80.8%,其中不能被成功檢測的位點所在區域大都顯示過高或過低的GC含量。研究表明,對GC豐富的基因組區域而言,打斷捕獲和基于多重PCR的捕獲方式均具有較高的捕獲能力;但對AT豐度的基因組區域而言,在捕獲時會出現很大的偏差。除基因組本身過高或過低的GC或AT含量及其特殊結構之外,所有外顯子組捕獲試劑盒的探針設計都不能實現對外顯子區域100%的覆蓋度,使得部分外顯子區域成為測序盲區。隨著全基因組測序費用的進一步降低,采用全基因組測序,替代外顯子組測序,進行遺傳變異的挖掘將會是必然的趨勢。

外顯子組測序也稱目標外顯子組捕獲，是指利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。總的來說還是高效率的，因為：1、定位克隆，降低功耗，成功地確定罕見變異，2、大部分導致孟德爾遺傳紊亂的基因變異是通過破壞蛋白質編碼形成的，3、大量的非同義替換是有害的，4、剪接位點也代表序列的主要功能的變化。

總結

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