有以下可能性：1. 比對(duì)所用的參考基因組和所測(cè)物種不是同一個(gè)物種，同源性不夠好，倒閉比對(duì)的mapping比率不高； 2. 測(cè)到的序列不全是miRNA，有其他RNA序列污染，比如斷裂mRNA，因此與miRBase數(shù)據(jù)庫比對(duì)比率滴；3. 測(cè)序樣本有污染，所測(cè)樣本與所分析物種不是同一個(gè)；4. 所用miRBase數(shù)據(jù)庫版本太低，沒有收錄入全部已知miRNA，據(jù)我所知，miRBase數(shù)據(jù)庫近兩年更新比較多，而且更新增加的miRNA數(shù)據(jù)量也不少，如果用了舊版本，是可能發(fā)現(xiàn)比對(duì)率太低的。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的请教miRNA测序数据比对到参考基因组上是60%左右，但是比对到miRBase数据库上只有7% 这是怎么回事呢？的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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