三种基因编辑系统的特异性如何?
生活随笔
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三种基因编辑系统的特异性如何?
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ZFN和TALENs都是作為二聚體發揮作用的,其特異性是由DNA綁定的區域決定的,這個區域在每個剪切位點最多可以識別36bp。然而,在在II型CRISPR系統中的Cas9是由一種RNA引導的核酸,它的特異性是由PAM和PAM上游的20個引導核苷酸決定的。這表明,3’12個堿基的“種子序列”是最關鍵的,而剩下的8個堿基(非種子序列)甚至PAM序列都是可以錯配的。ZFN的特異性由一種不帶偏見的全基因組分析進行,并且發現存在頻率低,但是可以檢測到的脫靶事件的發生,其可以定義為一個高度有限的一部分。已經有研究表明,TALENs有比ZFN更低的細胞毒性和脫靶效率。基于這個研究,TALENs誘導的CCR5特異性突變在CCR5的對偶基因上發生率是17%,而在高度同源的CCR2位點上只有1%。相反,CCR5特異性的ZFN的活性在這兩個位點是相在當的,CCR5位點的突變頻率是14%,而CCR2的是12%。CRISPR/Cas系統在細胞毒性評價或者DSB誘導的檢測中都沒有明顯的脫靶現象。然而,最近的研究發現,CRISPR誘導的靶向不同的人類細胞的基因出現了顯著的脫靶現象。三個其他的小組利用更系統的方法在人類細胞中評估了CRISPR的脫靶活性,其結果表明CRISPR可能能夠發生目標不匹配,從而在預測的脫靶位點上引入微缺失或者插入(插入缺失)。此外,靶向位點的定位和內涵能夠顯著的影響gRNA識別他們的靶向目標,而在基因組序列中的“脫靶序列”也是一樣的。已經有報告說,脫靶效應能夠通過小心的控制Cas9的mRNA的濃度來克服。此外,在基因編輯的時候使用配對的Cas9的切口酶已經表明能夠顯著的減少至少1500倍的脫靶活性。
總結
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