關于地球物種多樣性的形成機制目前還有一定的爭議，但歸根結底應該與基因的多樣性有關。之前比較主流的一個理論是生態位理論。早在1910年Johnson就率先提出了生態位概念。之后, Grinnell正式定義生態位(niche)為正好被一個種(或亞種)所占據的環境限制性因子單元。打個比方，環境就像一個大篩子，上面有大大小小各種各樣的孔，不同的孔就是不同的生態位。環境中的每一個物種都能鉆過一個屬于自己的孔—（找到合適自己的資源以及生存空間）。但是有的物種會去擠同一個孔，造成“生態位重疊”，生態位重疊的情況下就會形成競爭。兩個生態位完全重疊的物種，最終的結果是弱的一方滅絕，或者形成生態位分化。舉個例子，狼和獅子都是食肉動物，在生態位上有一定的重合。如果他們都看上了只水牛，為了搶奪這只水牛，就會打一架，誰贏了誰得到水牛活下去。沒吃的或者選擇餓死，或者選擇“生態位分化”——去吃兔子，也能活下去。按照生態位理論，環境中物種的生態位分化，是環境物種多樣性形成的必要條件。然而,傳統的生態位理論在解釋熱帶雨林的物種多樣性時遇到了困難:熱帶雨林的物種多樣性太高,無法用傳統的生態位分化觀點來解釋,即沒有足夠數量的生態位容納如此眾多的雨林樹種。以BCI(Barro Colorado Island , 巴拿馬) 喬木群落例,3/ 4的物種是耐蔭樹種,它們之間沒有明顯的生態位分化,無法根據生態位理論予以說明。 于是以美國生態學家Stephen Hubbell為代表的學者提出了群落中性理論。該理論否定“篩子”的存在（即環境的選擇作用），強調隨機性和動態變化，他們認為宏觀進化結果都來自于等位基因在遺傳漂變中的隨機固定，不像“環境適應—選擇論者”把基因分為“好”和“壞”的，他們認為基因沒有好壞之分，是“中性”的，所以稱為中性理論。物種可以實現共存,物種多度的變化是隨機的,而非確定性的;共存的物種數量取決于物種分化(或遷入) 和隨機滅絕之間的平衡;群落內物種的相對多度隨時間表現為隨機振蕩的波動。 但是由于否定物種差別, 群落中性理論至少無法解釋如下事實: (1)群落組分種對環境變化的響應因種而異, 尤其是物種對生境破碎化的響應; (2)不同物種生物入侵能力有顯著差異, 群落抗入侵能力也各不相同(3)物種多樣性與生態系統功能之間的正相關關系, 如生產力因物種數增加而上升的現象。現在生態學家在做的努力是怎樣結合這兩種理論，即基于生態位分化的確定性過程和中性作用的隨機過程怎樣耦合在一起, 共同形成和維持物種多樣性。 所以這個問題正式答案的產生還需要一定時間啊。

基因的多樣性決定了生物種類的多樣性，這是毋庸置疑的。生物多樣性的外在形式是生物種類的多樣性，內在形式是基因的多樣性；決定生物多樣性的外在因素是生態系統的多樣性，內在因素是基因的多樣性。基因的多樣性決定了蛋白質的多樣性，而蛋白質是生物性狀的表現，同時，生物所處的環境也會影響生物的性狀。

總結

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