国内生物数据共享会碰到哪些困难?
生活随笔
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国内生物数据共享会碰到哪些困难?
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
樓主的問題,生物數據大多指基因組、蛋白質組等,但我更想說的一個生命科學領域整體的數據共享,應該包括以上數據、健康表型數據、還有樣本資源。因為,僅僅有以上生物數據的共享,實質上在科研方面的作用會大打折扣。那么,在理清了我們共享的“標的”后,我們可提出共享的問題。1、機制問題:如上一樓筆者所說,美國鼓勵數據的共享,甚至以強制性措施來要求數據共享。而在國內,大多項目在結項之后就是項目“die”的時候,沒有后續性,更多是游擊戰的節奏。另,國內沒有NCBI這樣子的平臺,提供國內科研工作者把數據上傳、共享、供別人使用。(大多數的發英文文章都會發在上面吧~~)OK!回到剛才,既然項目停了,那么老師自然就沒有能力來建立個數據庫來持續性為其他研究者服務啦!大家可以看看人類遺傳資源平臺,就是這么一回事,項目結項后好好的平臺就沒法運營了!2、意識問題:在國內大多數老師,都認為這個“樣本、表型信息、組學信息”是自己辛辛苦苦去收集,花錢(國家的錢)的去搞回來的,意識上認為是自己的財產,具備該“標的”的所有權!但我們跟國外的某些老師聊過,人家認為這個更應該是人類的東西,就應該共享出去。甚至國內有一部分保守的老師認為,共享數據會引起什么基因戰、什么生化危機balabala。我們自己做樣本的共享平臺E-BioBank,就深刻理解這一點。老師視這個為寶,沒有可預見可獲得利益的時候,堅決握在手里。3、激勵措施:“天下熙熙,皆為利來;天下攘攘,皆為利往。”雖說我們走的社會主義道路,但是還是需要搞市場化手段。所以,我覺得在數據共享過程中,應該有利益上的激勵措施。如果,數據共享是個盡花錢、盡花心思、沒有利益回報的事情,估計這個事情不持久!至于激勵措施,應該科學界有個頂層的制度出來。4、技術問題:數據是多元化、很泛化的東西,那么如何明確化數據的共享?那就必須給數據清晰的定義,如元數據,還需要確定數據格式內容。如data harmonization,這個問題全世界都在面臨。另,大數據的共享,硬件、軟件、人才都成問題,如何讓如此大數據從A點傳輸到B點,誰成為大數據的管理者、協調者,這都是個技術活。現在,國家基因庫想做這個事情,但是水平自然就遠遠不及格啦!(我實話實說!)最后,Share大家一份我們收到的材料:《Framework for Responsible Sharing of Genomic and Health-Related Data》,P3G聯合相關聯盟搞的材料,值得我們了解!如有講得不對,請大家指正!數據共享、資源共享,都是為了科學發展,為了人類健康事業,為了資源的價值最大化,你我他有責!
最大的困難是只給看論文,無法看數據。國內的政府科研項目一直沒有強制性的數據公開和共享要求。生命科學的數據零散地掌握在各個科研單位和研究小組內部,對國家的科研投入來說,這是一種巨大的浪費。據了解,在我國,這樣的現象時有發生:國家向某個重大研究課題投入巨資,支持其從基因組層面研究若干重要的遺傳疾病。最終,雖然該研究發表了一系列高水平論文,但卻從未將詳細數據公開。李亦學認為,這樣的研究本可以整體提升中國相關領域學術水平,但“只給看論文、無法看數據”的做法,極大限制了國家級課題的帶動效應。美國是生命科學大數據產出和應用的領先者,不僅數據量和分析技術領先,而且在數據共享方面也是如此。李亦學告訴記者,美國國立生物技術信息中心(NCBI)存儲了分子生物學、生物化學、遺傳學領域的海量數據,一大批計算機專家和生物學家維護著這個龐大的數據庫和自動分析系統。這個平臺對支撐起美國在生命科學領域的地位至關重要。NCBI的數據是科學家無償提供的。根據規定,美國科學家要想拿到政府經費,必須在申請課題時就承諾在課題完成后,將詳細的研究數據提供給NCBI;如果違背承諾,這名研究者將被列入黑名單,可能再也無法得到資助。這是NCBI獲得大量數據的根本保證。
最大的困難是只給看論文,無法看數據。國內的政府科研項目一直沒有強制性的數據公開和共享要求。生命科學的數據零散地掌握在各個科研單位和研究小組內部,對國家的科研投入來說,這是一種巨大的浪費。據了解,在我國,這樣的現象時有發生:國家向某個重大研究課題投入巨資,支持其從基因組層面研究若干重要的遺傳疾病。最終,雖然該研究發表了一系列高水平論文,但卻從未將詳細數據公開。李亦學認為,這樣的研究本可以整體提升中國相關領域學術水平,但“只給看論文、無法看數據”的做法,極大限制了國家級課題的帶動效應。美國是生命科學大數據產出和應用的領先者,不僅數據量和分析技術領先,而且在數據共享方面也是如此。李亦學告訴記者,美國國立生物技術信息中心(NCBI)存儲了分子生物學、生物化學、遺傳學領域的海量數據,一大批計算機專家和生物學家維護著這個龐大的數據庫和自動分析系統。這個平臺對支撐起美國在生命科學領域的地位至關重要。NCBI的數據是科學家無償提供的。根據規定,美國科學家要想拿到政府經費,必須在申請課題時就承諾在課題完成后,將詳細的研究數據提供給NCBI;如果違背承諾,這名研究者將被列入黑名單,可能再也無法得到資助。這是NCBI獲得大量數據的根本保證。
總結
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