目前，中國科學家廣泛運用GWAS對共28種疾病進行了疾病遺傳易感性的研究，占國際總研究病種的17.8%，可分為精神類疾病（如精神分裂癥、躁郁癥、癲癇）、腫瘤性疾病（如肝癌、胃癌、肺癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌）、代謝類疾病（如2型糖尿病、多囊卵巢綜合癥、骨質(zhì)疏松癥）、心血管疾病（如冠心病、高血壓病）、自身免疫性疾病（如Graves病、IgA腎病和強直性脊柱炎的），眼科疾病（如高度近視）、皮膚復雜性疾病（如系統(tǒng)性紅斑狼瘡、銀屑病、麻風、白癜風、特應性皮炎），共發(fā)表超過40篇GWAS研究的文章，占國際發(fā)表論文總數(shù)的8.1%，其中影響因子在30以上的有27篇。目前共報道了超過120個疾病的易感位點/基因。接下來以 宮頸癌的研究為例來說明如何確定位點是否關聯(lián)：首先在發(fā)現(xiàn)階段，他們利用Affymetrix的Axiom Genome-Wide CHB1芯片對1,364個病例和3,028個女性對照進行了基因分型。AxiomGenome-Wide CHB1是一款專為漢族人群而設計的芯片，其內(nèi)容精選自Axiom基因組數(shù)據(jù)庫，最大限度地覆蓋了常見的等位基因（MAF >5%）。在這一階段，研究人員總共發(fā)現(xiàn)了41個明顯關聯(lián)的SNP。之后，他們對這41個SNP位點中的22個（其中忽略的19個處于連鎖不平衡狀態(tài)）進行了第二階段的跟進研究。這一階段包括兩個獨立的樣本組：第一組包括1,824個病例和3,808個對照；第二組包括2,343個病例和3,388個對照。對于第一組，22個SNP中的13個是統(tǒng)計學上顯著的。隨后，他們又對第二組開展了這13個SNP的基因分型。綜合這三個階段的結(jié)果，研究人員發(fā)現(xiàn)了2個新的SNP位點（rs1311117307和rs8067378），它們所在或鄰近的染色體區(qū)域（EXOC1[4q12]和GSDMB[17q12]）是宮頸癌的易感區(qū)域。同時，研究人員也確認了之前鑒定出的一個位點（rs4282438），它定位在6p21.32上的HLA-DPB1和HLA-DPB2之間（HLA-DPB1/2）。

要滿足的條件簡單地說就是在足夠大的樣本群體中相關性顯著。舉個例子，Easton et al的研究中，由390個家族乳腺癌患者和364個control中確定了12711 SNPs，然后在3990 cases和3916 controls中驗證，得到30個SNPs。最后在21860 cases和 22578 controls（數(shù)據(jù)來自22項研究）中檢驗，最終確定5個位點的突變在基因組范圍上與乳腺癌發(fā)病風險顯著相關，而這個顯著性是p<10^-7.更多內(nèi)容可以參考這篇綜述。http://hmg.oxfordjournals.org/ ... Bhtml

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的癌症GWAS研究，关联位点确定需满足条件有哪些？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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