目前來說成為標準方法還不太可能，因為半導體測序是第三代測序技術，該技術目前測序錯誤率較第二代測序儀器高很多，測序質量并不可靠，但是其快速低價的優點是最大的賣點，在未來技術革新后，該技術或許會由于廉價快速獲得大發展。2010年2月，羅森博格的Ion Torrent公司推出了世界上第一臺半導體測序儀——PGM，這也是首臺“椅上型”（benchtop）測序儀。PGM的測序原理不同于此前的測序技術。測序儀的半導體芯片上有微孔，每個微孔里都裝著一個待測的單鏈DNA模板和一個DNA聚合酶。測序過程中，含有任意一種堿基的dNTP溶液會被加入微孔中。如果所加入的dNTP與模板鏈上的堿基匹配，就會與之結合，釋放氫離子，降低溶液的pH值。pH值的變化會被ISFET傳感器探測到。因此，如果加入的是含有腺嘌呤（A）的溶液，那么傳感器就能確定與腺嘌呤發生反應的是哪些微孔里的待測DNA，繼而根據堿基配對原則，斷定待測DNA上的堿基是胸腺嘧啶（T）。而那些沒有結合到模板的dNTP就會被清洗掉，開始下一輪測序。相比CE測序技術，這樣的測序過程所用的時間大大縮短，因為不需要通過計算機的后期分析來斷定所測的堿基。同時，測序所使用的微芯片的價格，也遠低于CE所使用的激光設備。二代測序的原理有所不同，主要以羅氏和illuminated為代表，但即使是Illumina本身的產品，也會有不同的技術革新。Illumina/Solexa Genome Analyzer測序的基本原理是邊合成邊測序。在Sanger等測序方法的基礎上，通過技術創新，用不同顏色的熒光標記四種不同的dNTP，當DNA聚合酶合成互補鏈時，每添加一種dNTP就會釋放出不同的熒光，根據捕捉的熒光信號并經過特定的計算機軟件處理，從而獲得待測DNA的序列信息。

總結

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