卡方分布分位数_卡方检验和精确概率法及两两比较
生活随笔
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卡方分布分位数_卡方检验和精确概率法及两两比较
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介? ? 紹
數(shù)值變量如果服從正態(tài)分布,采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差進(jìn)行統(tǒng)計描述,采用方差分析進(jìn)行組間比較,如果組間差異有統(tǒng)計學(xué)意義,進(jìn)一步采用LSD法(也可以是其它方法)進(jìn)行兩兩比較。如果不服從正態(tài)分布,采用中位數(shù)(四分位數(shù)間距)進(jìn)行統(tǒng)計描述,組間比較采用非參數(shù)檢驗(Kruskal-Wallis秩和檢驗),當(dāng)組間總的有統(tǒng)計學(xué)差異,進(jìn)一步采用Dunn法(也可以是其它方法)進(jìn)行多重比較。對于分類變量,采用例數(shù)(百分比)的形式描述,組間比較采用χ2檢驗或精確概率法,當(dāng)組間總的有統(tǒng)計學(xué)差異,進(jìn)一步采用χ2檢驗或精確概率法進(jìn)行兩兩比較,兩兩比較的P值需采用Boferroni法(也可以選擇其它方法)進(jìn)行校正。對于只會SPSS軟件的同學(xué)來說,做兩兩比較的卡方檢驗或精確概率法時,需要一次次選擇個案,一次次點菜單,太浪費時間和精力。用R軟件的優(yōu)勢在于做兩兩比較時,不用再一次一次點菜單了,直接用幾行命令就可以了。我們想看看不同工作崗位的男女比例是否有差異。軟件操作
1、導(dǎo)入數(shù)據(jù)mydata "clipboard")#查看數(shù)據(jù)str(mydata)head(mydata)2、變量因子化mydata$sex$sex,levels=c(0,1),labels=c(mydata$work$work,levels=c(1,2,3,4),labels=c(#查看數(shù)據(jù)str(mydata)head(mydata)3、對于分析涉及到的變量,形成表格數(shù)據(jù)我們想研究不同工作崗位的男女比例是否有差異,需要把涉及到的兩個變量work和sex生成表格,輸入:tab$work,mydatatab4、卡方檢驗和精確概率法#卡方檢驗chisq.test(tab)#精確概率法fisher.test(tab)結(jié)果解讀:使用chisq.test命令進(jìn)行卡方檢驗,結(jié)果顯示:統(tǒng)計量χ2=20.911,p=0.0001099,在論文中需寫成χ2=20.91,p<0.001,說明不同崗位的男女比例有差異,但具體是哪兩個崗位有差異,還需進(jìn)一步兩兩比較。(注:論文中卡方值一般保留兩位小數(shù),p值一般保留三位小數(shù),如果p<0.001,可以直接寫成p<0.001)。如果不符合卡方檢驗條件,需改用精確概率法,其實就算符合卡方檢驗條件,也可以直接用精確概率法。使用fisher.test命令進(jìn)行精確概率法,結(jié)果顯示p=8.359*10-5,論文中需要寫成p<0.001,說明不同崗位的男女比例有差異,但具體是哪兩個崗位有差異,還需進(jìn)一步兩兩比較。5、兩兩比較#install.packages("rcompanion")library(rcompanion)#兩兩比較卡方檢驗pairwiseNominalIndependence(tab,chisq = TRUE,fisher = FALSE,gtest = FALSE,method = "bonferroni")上面紅色的warning messages提示卡方檢驗得到的結(jié)果可能不準(zhǔn)確,為了保險起見,我們采用Fisher精確概率法進(jìn)行兩兩比較。#兩兩比較精確概率法pairwiseNominalIndependence(tab,chisq = FALSE,fisher = TRUE,gtest = FALSE,method = "bonferroni")結(jié)果解讀:事后兩兩比較由于檢驗次數(shù)的增多,會增加一類錯誤的概率,所以通常需要校正p值或校正檢驗水準(zhǔn),兩者本質(zhì)是一樣的。我們通過R軟件進(jìn)行兩兩比較的好處是,可以直接設(shè)定兩兩比較p值校正方法,如本例中,我們直接設(shè)置為bonferroni法,p.adj.Fisher列即為校正后的p值,可以直接與0.05相比,如果<0.05,說明兩者之間差異有統(tǒng)計學(xué)意義;否則,說明無統(tǒng)計學(xué)意義。本例中,A崗和B崗的男女比例差異有統(tǒng)計學(xué)意義,p=6.42*10-5,需要寫成p<0.001。需要說明的是,有的p值經(jīng)校正之后=1,這是很正常的。知識拓展
本例中p值校正的方法,我們選擇的是bonferroni法,只要在論文中說明所用方法即可。大家也可以嘗試別的方法,更多信息可以在Rstudio中輸入?p.adjust獲取。希望今天的文章對你有用,隨手點個在看吧。本文由劉老師醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(ID:ourdata)原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明來源。轉(zhuǎn)載、投稿、商務(wù)合作、統(tǒng)計學(xué)習(xí)/咨詢請在公眾號后臺,添加作者微信。
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