在linux中用高斯09优化分子结构,高斯09的优化 - 量子化学 - Gaussian - 小木虫论坛-学术科研互动平台...
求助高斯09,我是新人一枚,現在想做簡單的小分子優化再和蛋白進行dock,我在linux系統下優化,這是input文件,計算后一直出現Error termination via Lnk1e in /home/zhang/g09/l1.exe 錯誤,求助大神如何解決。優化后獲得log文件,我該如何通過log文件獲得優化后的小分子的pdb文件呢。謝謝大家
%chk=deltarasin.chk
# opt=tight b3lyp/6-31g(d,p) nosymm scf=qc pop=mk iop(6/33=2.6/42=6.6/50=1)
deltarasin
0 1
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?1.37600000? ?-3.11200000? ?-5.04800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?3.77400000? ?-3.52800000? ?-5.40000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?5.41000000? ?-2.72300000? ?-3.78500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.55700000? ? 1.30300000? ? 1.75000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.63100000? ? 4.88200000? ?-0.49500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.60900000? ? 1.16300000? ?-2.48600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.19200000? ?-1.79500000? ? 5.77500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.44500000? ?-0.33200000? ? 5.09600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.89100000? ? 0.35600000? ? 5.03900000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-9.09900000? ?-0.90500000? ? 4.63700000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.68900000? ? 0.66700000? ? 2.71000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.45400000? ? 0.53000000? ?-0.88700000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ? -10.13500000? ?-0.80700000? ?-2.01200000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-6.93100000? ?-1.66600000? ? 0.63500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ? -10.78500000? ? 3.30500000? ?-1.31800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-6.80800000? ? 3.55500000? ? 1.56300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ? -10.09200000? ? 5.43700000? ?-0.30500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?3.43500000? ?-2.97800000? ?-4.50600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.64200000? ? 3.57800000? ?-2.56300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.69800000? ?-1.77300000? ? 2.37400000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?3.60000000? ?-0.75700000? ?-0.14300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.05400000? ?-2.04300000? ? 4.73200000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-1.76500000? ?-1.45800000? ?-2.66100000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-3.74900000? ?-0.71500000? ?-1.73700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.59200000? ? 3.14800000? ? 0.72700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.59900000? ? 1.72200000? ?-1.53700000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?0.59100000? ?-1.75500000? ?-2.84500000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?1.91800000? ?-1.06700000? ?-1.46100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.61400000? ? 3.78000000? ?-0.45500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?4.33700000? ?-2.53300000? ?-3.61300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.97400000? ?-0.16500000? ? 2.91500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.25900000? ? 0.19500000? ? 0.16000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-6.39100000? ? 0.74500000? ? 1.06100000
O(PDBName=O,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-4.01200000? ? 0.71600000? ? 0.55700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-6.54000000? ? 0.24700000? ? 2.52700000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.65500000? ? 1.09700000? ? 0.34400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-1.66400000? ?-0.88900000? ?-1.72100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-2.87200000? ? 0.25900000? ?-0.05900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-9.48900000? ?-2.75900000? ?-1.85100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.73200000? ?-3.22600000? ?-0.44400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-2.82300000? ?-0.46100000? ?-1.19500000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-9.32800000? ? 1.09100000? ?-0.83200000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-9.89200000? ? 3.36000000? ?-0.67500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.06800000? ? 2.30200000? ? 0.35200000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.41800000? ? 0.33800000? ?-0.35200000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ? -10.25900000? ?-3.09500000? ?-2.56600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.06900000? ?-0.83600000? ? 0.65100000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?4.71400000? ?-1.50300000? ?-1.80700000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.59200000? ? 3.73000000? ? 1.66400000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-4.49900000? ?-0.51000000? ? 2.81500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-6.32600000? ? 1.12300000? ? 3.19800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.30500000? ?-1.04200000? ? 2.31500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.17600000? ?-0.90900000? ? 0.17900000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.91400000? ? 1.74600000? ? 1.22800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?0.36400000? ? 0.30700000? ? 0.57400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?3.95100000? ?-1.85800000? ?-2.51500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.11600000? ? 5.52700000? ? 1.11700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.12300000? ?-2.75500000? ?-4.32100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.57300000? ? 1.80600000? ? 0.76900000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-1.65500000? ? 1.04000000? ? 1.47000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.61900000? ? 3.06300000? ?-1.58800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.72100000? ?-4.72300000? ?-1.58300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.04900000? ?-3.95000000? ? 0.03300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.56900000? ? 1.07200000? ?-0.35900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.54100000? ?-0.44300000? ?-0.27500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?1.74900000? ?-2.08200000? ?-3.22600000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?2.64100000? ?-1.64100000? ?-2.33300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?0.67200000? ?-1.11600000? ?-1.74500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.55100000? ?-0.84600000? ? 2.97100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-5.73100000? ?-1.20000000? ? 4.45500000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.10900000? ?-1.58400000? ? 4.74900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.07100000? ?-0.54200000? ? 4.40100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-0.52400000? ? 0.04300000? ?-0.00700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-0.45900000? ?-0.65700000? ?-1.15500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-1.67900000? ? 0.47700000? ? 0.52000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.64800000? ?-3.65500000? ?-1.32000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.66400000? ?-1.92300000? ?-0.12900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.47000000? ?-0.98300000? ?-0.65400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-9.39800000? ?-1.46100000? ?-1.51600000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-9.15700000? ? 2.27000000? ?-0.42300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-7.68700000? ? 3.46300000? ? 0.90800000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-8.41600000? ? 4.56700000? ? 0.66400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???-9.50700000? ? 4.52000000? ?-0.11900000
Lig_ini.gesp
Lig.gesp
總結
以上是生活随笔為你收集整理的在linux中用高斯09优化分子结构,高斯09的优化 - 量子化学 - Gaussian - 小木虫论坛-学术科研互动平台...的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇: PHP中删除目录的三种方法
- 下一篇: redis的zset的底层实现_Redi