大家好，我是小馬老師。

本文介紹如何使用python ovito模塊輸出lammps模擬體系的鍵長分布。

在之前的推文中，曾經介紹過ovito可以分析鍵角分布，但是這個功能是ovito pro版本的，需要收費。

對于大部分同學來說，這個費用不算低，況且僅僅是為了使用個別功能，付費pro版也不大合算。

有一個免費的替換方案，使用python的ovito模塊，就可以達到相同的目的。
python ovito模塊中有個BondAnalysisModifier功能，可以分析鍵長和鍵角的分布，和ovito pro版本的鍵角分析功能是一樣的。

python ovito模塊的安裝和使用方法，可以查找公眾號前面的推文，不再贅述。

下面以聚乙烯弛豫為例，介紹BondAnalysisModifier使用方法。

lammps dump軌跡文件并不保存鍵的信息，因此，分析鍵的信息需要首先讀入體系的鍵拓撲信息。

初始的data文件包含鍵拓撲信息，因此，此處可以讀入初始data文件。

在模擬過程中，鍵的連接是不變的，所以，加載軌跡文件后，根據鍵拓撲信息依次循環所有的鍵，計算鍵長并保存輸出。

默認的命令僅計算當前幀的鍵長分布，添加TimeAveragingModifier()可對所有幀的鍵長分布進行統計平均，最終的結果輸出到bond-length-distr.txt文件。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的lammps数据后处理：Python Ovito 统计键长分布的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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