Python中MNE库的脑电地形图绘制
腦電地形圖在進(jìn)行和“源”相關(guān)的分析時(shí)很有用,可以直觀的看出各個(gè)電極的激活情況以及其隨時(shí)間的變化。在標(biāo)準(zhǔn)的腦電數(shù)據(jù)中都是有電極的坐標(biāo)位置的,會(huì)用EEGLab的可能對這塊比較熟悉了,實(shí)際MNE庫中也有相關(guān)的定義和實(shí)現(xiàn),可以導(dǎo)入外部的電極數(shù)據(jù),或者使用一些標(biāo)準(zhǔn)的位置信息如:10-20電極分布。
電極的坐標(biāo)以及坐標(biāo)系:
腦電電極的分布可以根據(jù)實(shí)際情況設(shè)計(jì)不同的位置,以標(biāo)準(zhǔn)的1020為例。
https://www.diytdcs.com/2012/07/1020-system-electrode-distances/
實(shí)際上標(biāo)準(zhǔn)的10-20只有21個(gè)通道,隨著通道需求的增加,基于10-20 有了很多的變形,通道數(shù)也增加了很多。不過通道的位置一般都是由采集設(shè)備固定的,了解就好。
如果你有EEGLab的數(shù)據(jù),在轉(zhuǎn)換為MNE使用的時(shí)候我們只需要關(guān)心笛卡爾坐標(biāo)系的XYZ就可以了。下面的兩張圖是EEGLab中的坐標(biāo)描述,和后面內(nèi)容沒什么關(guān)系,只是為了說明有3種不同的坐標(biāo)系之間的轉(zhuǎn)換。
https://cloud.tencent.com/developer/article/1521031
https://atonal.ucdavis.edu/resources/docs/matlab/public/eeg/fixes/readlocs.html
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MNE中的topomap
推薦一個(gè)連接,也是官方的一個(gè)例子,把這個(gè)例子搞明白應(yīng)該就夠用了,例子中的內(nèi)容比較多,這里只挑選示例中的幾個(gè)函數(shù)。
https://mne.tools/stable/auto_tutorials/intro/plot_40_sensor_locations.html#sphx-glr-auto-tutorials-intro-plot-40-sensor-locations-py
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1、沒有電極位置信息,只有通道名稱。
大部分的情況下,你可能有一些腦電數(shù)據(jù),但是沒有電極的位置信息,只要你的通道名稱是標(biāo)準(zhǔn)的命名規(guī)則就可以直接使用默認(rèn)的位置信息,相當(dāng)方便,這個(gè)函數(shù)就是set_montage;這是epochs的一個(gè)方法epochs.set_montage('standard_1020'),這里的使用的10-20的分布規(guī)則,還有一些其他的規(guī)則可以選擇。MNE中的10-20支持94+3通道,一般情況夠用了 。
epochs.set_montage('standard_1020')https://mne.tools/stable/generated/mne.Epochs.html?highlight=set_montage#mne.Epochs.set_montage:
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2、有電極位置信息
有電極位置信息是最好的了,因?yàn)橛行r(shí)候由于一些特殊原因可能沒有按照標(biāo)準(zhǔn)的分布規(guī)則部署電極,只要有位置信息就可以在任何平臺(tái)使用了。在MNE中這種情況通過兩個(gè)步驟來處理,首先make_dig_montage,然后set_montage就可以了。這種方式還能解決通道命名不規(guī)范的問題,只要make_dig_montage中ch_pos的key和通道名對應(yīng)即可,并不要求一定是標(biāo)準(zhǔn)的命名方式,還有一點(diǎn)需要注意MNE中的單位是米,可能會(huì)需要換算。
make_dig_montage:https://mne.tools/stable/generated/mne.channels.make_dig_montage.html?highlight=make_dig_montage#mne.channels.make_dig_montage
sensorPosition={ch_names:position} montage = mne.channels.make_dig_montage(ch_pos=sensorPosition) epochs.set_montage(montage)然后你就可以繪制這種腦電地形圖了。。。
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總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的Python中MNE库的脑电地形图绘制的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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